大规模使用生物质能源的挑战包括对环境的负面影响，如森林砍伐、土地退化、水污染和生物多样性丧失。生物质生产可能与粮食生产竞争，特别是在大规模单一种植生物燃料作物的情况下。另一个挑战是生物质原料的可获得性和可变性，生物质原料的可获得性和可变性可能随地理位置和季节而变化，这给工厂的持续运营带来了挑战。此外，还存在技术障碍和扩大规模的挑战，因为将生物质热解技术从实验室规模扩大到商业规模的工厂仍然是一项挑战。明确的政策和法规对于支持生物质热解工厂的发展和提供有利的市场环境至关重要。持续的研发投资对于应对技术挑战、开发创新解决方案和提高生物质热解工厂的整体性能至关重要。其他挑战包括高昂的资本和运营成本、扩大生物质热解工艺规模的技术挑战、潜在的污染物排放以及进一步研发以提高工艺效率和产品产量的必要性。此外，由于对生物质的需求量大，有可能造成森林砍伐，而且用于生物质生产的土地种植其他作物的效率可能会降低。生物质的储存需要维护，成本高昂，收割、储存和出口过程也是如此。
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