除高压灭菌法外，还有一种低温灭菌法可替代热敏材料灭菌，如气体等离子灭菌法、环氧乙烷（ETO）灭菌法和气化过氧化氢（VHP）灭菌法。这些方法能有效地对热敏材料进行灭菌，而不会因温度过高而造成损坏。
气体等离子灭菌：
气体等离子灭菌利用离子化气体杀死微生物。这种方法将低温过氧化氢蒸气与等离子体结合起来，以达到灭菌目的。该过程在 45°C 至 55°C 左右的温度下有效，因此适用于对热敏感的材料。气体等离子灭菌过程很快，通常需要 45 分钟到 1 小时，对包括孢子在内的多种微生物有效。环氧乙烷灭菌：
环氧乙烷（ETO）灭菌涉及使用一种能高效杀死微生物的气体。环氧乙烷是一种化学杀菌剂，能与微生物蛋白质和 DNA 中的氨基、羧基、羟基和巯基发生反应。这种方法的工作温度在 37°C 至 63°C 之间，对大多数热敏材料都是安全的。不过，由于需要通气去除残留的环氧乙烷，该工艺需要较长的周期（几小时到几天），而环氧乙烷具有潜在的危险性。
蒸发过氧化氢灭菌法：
气化过氧化氢（VHP）灭菌法使用气态过氧化氢杀死微生物。蒸气在整个消毒室中循环，接触所有表面以达到杀菌目的。VHP 在 40°C 至 50°C 左右的温度下有效，因此适用于对热敏感的材料。这个过程相对较快，通常需要 28 到 70 分钟，而且不会留下有毒残留物，因为过氧化氢会分解成水蒸气和氧气。
