生物燃料的生产成本可能很高，尤其是与化石燃料相比。
在欧洲，近年来生物燃料的价格一直高于化石燃料。
由于目前用于生物燃料生产的原料（如植物油、谷物、废食用油和动物脂肪）价格上涨，生物燃料和化石燃料之间的价格差异正在扩大。
生物燃料的生产成本取决于多种因素，包括原料成本、工厂规模和所用技术。
研究表明，假定原料成本在 0 到 100 欧元/吨（0 到 1.9 欧元/GJ）之间，热解油这种生物燃料的生产成本在 75 到 300 欧元/吨油（4 到 18 欧元/GJ）之间。
生物燃料生产的经济分析包括资本成本和现金流分析。
成本可根据生产能力、设备评估和供应商报价计算。
敏感性和不确定性分析取决于不同参数的价格波动，如原料、劳动力、电力、税收和工厂总运行时间。
此外，还可将生产成本与其他来源和方法生产的燃料进行比较。
要实现收支平衡，生物燃料生产厂的收入和总成本必须相等。
使用最廉价的生物质可以达到最低的盈亏平衡卖点。
这意味着，使用更便宜的原料可以降低生物燃料的生产成本。
生物质快速热解产生的生物油的成本因使用的生物质类型而异。
例如，Patel 等人报告称，快速热解木屑生产生物油的成本为 1.09 美元/升。
Xin 等人估计生物油的价格为 2.23 美元/加仑。
Li 等人对原位和非原位催化热解生物质进行了成本分析，发现原位工艺的生物油最低燃料销售价格为 1.11 美元/升，非原位工艺的生物油最低燃料销售价格为 1.13 美元/升。
生物油生产的总成本可通过在热解过程中实施热集成来降低，热集成可实现能源回收并降低公用事业成本。
此外，使用混合原料和价格较低的催化剂也可降低运营成本。
值得注意的是，与小型热解工厂相比，大型热解工厂有可能生产出更便宜的生物油。
从生物质中提取的生物油是水和有机化合物的乳化液。
这些有机化合物可以进一步加工成化石燃料的替代品。
通过快速热解将玉米秸秆转化为生物油，然后在大容量炼油厂将其升级为汽油和柴油的成本估计在每加仑 3 到 4 美元之间。
与工业木屑相比，生物油在易于处理和降低储存成本方面具有明显优势。
在许多市场上，生物油的价格与燃油相比也具有竞争力。
例如，2014 年，加拿大热解油运往鹿特丹的价格约为每千兆焦耳 13 美元，在没有任何环境信用额度的情况下，与大多数市场的取暖油价格（约为每加仑 2 美元）相当。
然而，要使热解油在价格上比燃料油更具优势，目前的油价需要上涨到每桶 55 美元以上。
总之，虽然生物燃料的生产成本可能很高，但影响成本的因素有很多，如原料价格、工厂规模、使用的技术和工艺优化等。
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