短程蒸馏的缺点主要集中在成本高、与保持高真空度相关的技术难题，以及由于蒸发和冷凝表面之间的距离较短而可能造成的气体溶剂损失。
高成本:短程蒸馏设备比传统蒸馏设备更昂贵。成本较高的主要原因是需要较高的密封性能来维持必要的真空度。设备必须经过精心设计和制造，以确保能有效地密封在真空中，这就增加了生产和维护的总成本。
保持真空的技术挑战:短程蒸馏的操作需要高度真空，通常低于 0.001mbar。要实现并维持这样的低压环境，就必须对蒸馏装置进行复杂而精确的设计。这包括确保蒸发面和冷凝面之间的距离达到最佳状态，这在技术上具有挑战性，而且实施起来成本高昂。
萃取气体溶剂的潜在损失:在短路径蒸馏中，气体溶剂从蒸发烧瓶到冷凝器的距离很短，这可能会导致损失。这些溶剂在蒸馏过程中很容易逸出或流失，尤其是在真空度或蒸发面和冷凝面的对齐度没有得到完美保持的情况下。这不仅会造成材料损失，还会影响蒸馏过程的效率和产量。
总之，短程蒸馏具有结构紧凑、效率高等显著优点，但也不是没有缺点。在决定是否在特定应用中使用这种方法时，需要考虑的关键因素包括成本高、技术难度大以及可能造成材料损失。
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