高压灭菌器的局限性主要围绕其可有效灭菌的材料、操作的物理和安全限制，以及影响其功能和效率的具体设计特点。
材料限制：
高压灭菌器不适合对油、油脂等防水材料或手套粉末等干燥材料进行灭菌。这些材料不允许蒸汽有效渗透，而蒸汽渗透是有效灭菌的关键。此外，聚乙烯托盘等在高温下可能融化的材料也不能在高压灭菌器中使用，因为它们可能会损坏设备。操作和安全限制：
高压灭菌器在高温（通常超过 250°F 或 121°C）和高压（至少每平方英寸 20 磅）条件下运行。在这些条件下，必须小心操作并遵守特定的装载规程，以确保安全和效率。腔室填充过满或物品放置不当会阻碍蒸汽渗透，影响灭菌效果。也不鼓励用铝箔等不允许蒸汽渗透的材料包裹物品。安全机制，如高压灭菌器门上的机械锁系统，是为了防止在操作过程中打开而设计的，以确保在允许进入之前压力已安全消散。
设计和容量注意事项：
高压灭菌器有各种尺寸和设计，每种尺寸和设计都有其自身的局限性和优势。传统的圆形截面高压灭菌器需要小心装载，以防止压力分布不均，而方形或矩形型号在装载布置方面更具灵活性，但需要更坚固的结构。高压灭菌器的尺寸也决定了其处理能力和操作规模，从小型台式型号到大型工业系统，不一而足。
特殊用途及其影响：
