与电子束蒸发相比，溅射的优点包括更好的阶跃覆盖率、更少的辐射损伤以及更容易沉积合金。溅射还具有均匀性、低杂质含量、高薄膜密度、可扩展性和高沉积速率等优点。它被广泛用于薄膜金属化、玻璃和聚合物涂层、磁性薄膜和装饰涂层。
不过，溅射也有缺点。与热蒸发相比，溅射速率通常较低。沉积流量分布可能不均匀，需要额外的固定装置才能获得厚度均匀的薄膜。溅射靶材可能比较昂贵，而且材料利用率较低。溅射过程中产生的热量需要有效去除。在某些情况下，等离子体中的气体污染物会被激活，从而导致薄膜污染。反应溅射沉积需要仔细控制气体成分，以防止溅射靶中毒。溅射法的资本支出也很高，某些材料的沉积率相对较低，而且由于离子轰击，有机固体很容易降解。此外，与蒸发沉积相比，溅射更容易在基底中引入杂质。
就溅射与蒸发的对比而言，溅射具有以下优势：更容易沉积大尺寸靶材、通过调整沉积时间更容易控制薄膜厚度、更容易控制合金成分以及避免电子束蒸发产生的 X 射线对设备造成损害。不过，溅射也有较高的资本支出，某些材料的沉积率较低，以及通电蒸汽材料可能导致基底加热。
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