溅射镀膜的缺点包括溅射率低、沉积流量分布不均匀、靶材昂贵且材料利用率低、能耗高导致发热、薄膜污染的可能性大、难以控制反应溅射中的气体成分、难以将溅射与升华结构化相结合，以及难以主动控制逐层生长。此外，溅射镀膜的投资和制造成本较高，层数越多产量越低，容易损坏和受潮，保存期限有限，在扫描电子显微镜应用中可能会改变样品的表面特性。
溅射率低： 溅射率通常低于热蒸发工艺。这可能会导致沉积时间延长，这在对产量要求很高的工业应用中是一个很大的缺点。
沉积流量分布不均匀： 溅射沉积过程通常会导致沉积材料分布不均匀。这就需要使用移动夹具来确保基底上的薄膜厚度均匀一致，从而增加了复杂性，并有可能导致最终产品不一致。
昂贵的靶材和不良的材料使用： 溅射靶材可能很昂贵，而且溅射过程中的材料使用效率通常很低。这种低效率会造成大量材料浪费，增加工艺的总体成本。
高能耗和高发热量： 在溅射过程中，入射到靶材上的大部分能量都会转化为热量。必须对这些热量进行有效管理，以防止损坏设备和基片，这就增加了溅射系统的复杂性和成本。
薄膜污染的可能性： 在某些溅射工艺中，等离子体中的气体污染物会被激活，从而增加薄膜污染的风险。与真空蒸发相比，溅射工艺中的这一问题更为严重，可能会影响沉积薄膜的质量和性能。
难以控制气体成分： 在反应溅射沉积中，必须严格控制反应气体的成分，以避免溅射靶中毒。这需要精确的控制系统和仔细的监控，从而增加了操作的复杂性。
将溅射与升空相结合的挑战： 溅射工艺的弥散性使其与升离技术相结合来构建薄膜具有挑战性。无法完全控制沉积模式会导致污染和难以实现精确模式。
逐层生长主动控制的困难： 与脉冲激光沉积等技术相比，溅射技术中逐层生长的主动控制更具挑战性。这会影响多层结构的质量和均匀性。
资本和制造成本高： 溅射设备的初始投资很高，持续的制造成本（包括材料、能源、维护和折旧）也很高。这些成本会降低利润率，尤其是与 CVD 等其他涂层技术相比。
较低的产量和易损性： 随着沉积层数的增加，产量往往会下降。此外，溅射涂层通常较软，在处理和制造过程中更容易损坏，因此需要小心处理并采取额外的保护措施。
对水分敏感，保质期有限： 溅射涂层对湿气很敏感，因此必须装入装有干燥剂的密封袋中储存。这些涂层的保质期有限，尤其是包装打开后，会影响产品的可用性和成本效益。
SEM 应用中样品表面特性的改变： 在扫描电子显微镜应用中，溅射涂层会改变样品的表面特性，导致原子序数对比度的损失和元素信息的潜在误读。这就需要仔细选择涂层参数，以尽量减少这些影响。
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