离子束溅射（IBS）的缺点主要集中在其在实现大面积均匀沉积方面的局限性、高设备复杂性和运营成本，以及在实现精确薄膜结构的工艺集成方面的挑战。
1.目标区域有限，沉积速率低：
离子束溅射的特点是轰击靶区相对较小。这一限制直接影响沉积速率，与其他沉积技术相比，沉积速率通常较低。较小的靶区意味着，对于较大的表面而言，实现均匀的薄膜厚度具有挑战性。即使有了双离子束溅射等先进技术，目标区域不足的问题依然存在，从而导致不均匀和生产率低下。2.复杂性和高运营成本：
离子束溅射所用的设备非常复杂。这种复杂性不仅增加了建立系统所需的初始投资，还导致运营成本增加。复杂的设置和维护要求会使离子束溅射系统在许多应用中变得不那么经济可行，尤其是与更简单、更具成本效益的沉积方法相比。
3.难以整合工艺以实现精确的薄膜结构：
IBS 在整合工艺（如用于薄膜结构的提升）方面面临挑战。溅射工艺的弥散性使其难以实现全影，而全影对于将原子沉积限制在特定区域至关重要。这种无法完全控制原子沉积位置的情况会导致污染问题，并且难以实现精确的图案化薄膜。此外，与脉冲激光沉积等技术相比，IBS 对逐层生长的主动控制更具挑战性，因为在脉冲激光沉积技术中，溅射离子和再溅射离子的作用更容易控制。
4.杂质的加入：
