溅射工艺是一种用途广泛的技术，但它也有一些局限性，影响了其效率和适用性。
1.难以将溅射与升华结合起来以形成薄膜结构
溅射涉及扩散传输过程。这意味着原子不会精确地指向基底。这一特性使得完全遮挡或限制原子沉积位置具有挑战性，从而导致潜在的污染问题。无法精确控制沉积位置使溅射与升离过程的整合变得复杂，而升离过程对于微电子和其他精密应用中的薄膜结构至关重要。
2.逐层生长主动控制的挑战
与脉冲激光沉积等其他沉积技术相比，溅射在实现对逐层生长的主动控制方面存在局限性。这在需要精确控制薄膜厚度和成分的应用中尤为重要。缺乏精确控制会导致薄膜特性不一致，从而影响材料的整体性能。
3.加入惰性气体作为杂质
在溅射过程中，工艺中使用的惰性气体可能会作为杂质滞留或积聚在生长的薄膜中。这些杂质会降低沉积薄膜的质量和性能，尤其是在纯度要求很高的应用中，如半导体制造。
4.磁控溅射的具体限制
磁控溅射是一种常用的变体，但也有其自身的一系列缺点。这种技术使用的环形磁场将等离子体限制在特定区域，导致靶材磨损不均匀，利用率低，通常低于 40%。这导致了大量的材料浪费和成本增加。此外，由于外部磁场的限制，该技术在低温下实现强磁性材料的高速溅射方面也面临挑战。
5.溅射的一般缺点
溅射还涉及高昂的资本支出、某些材料的低沉积率以及某些材料（如有机固体）在离子轰击下的降解。此外，与蒸发技术相比，溅射往往会在基底中引入更多杂质，这主要是由于在较小的真空范围内操作所致。
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